Muzeum posiada bogaty zbiór fotografii artystycznej i dokumentalnej twórcy oraz tysiące negatywów (z niektórych nigdy nie powstały odbitki). Prace te wyróżniają się innowacyjnym podejściem, kreatywnością i wysokim poziomem. Niekwestionowane artystyczne walory spowodowały, że Beksiński do dziś uważany jest za jednego z najwybitniejszych i najbardziej odkrywczych fotografików lat 50. Już w tych wczesnych pracach ujawnił się indywidualny sposób percepcji rzeczywistości. Pierwsze zetknięcie z tym medium nastąpiło dużo wcześniej: Fotografowałem bodajże od 1940 roku. Gdzieś od początku wojny ojciec dał mi swój stary aparat (…). Choć fotografowałem dużo, nie miało to charakteru twórczości. Fotografowałem kolegów, sytuacje, jakie się zdarzały, czołgi z żołnierzami, nawet lotniska (…). Wspomniane tutaj zdjęcia znajdują się w archiwum Muzeum i są ważnym świadectwem historycznym tamtego okresu.