W zbiorach Muzeum znajduje się kilka tysięcy szkiców i rysunków artysty z wszystkich okresów twórczości. Zachowały się nawet prace będące zapisem pierwszych kresek wykonywanych przez kilkuletniego przyszłego artystę. Pomijając młodzieńcze próby, polegające najczęściej na kopiowaniu dzieł mistrzów, pierwsze prace rysunkowe Beksińskiego utrzymane są w konwencji ekspresjonistycznej. Niektóre z nich zdradzają także związki z surrealizmem. Te wczesne realizacje stanowią ważną dokumentację artystycznych poszukiwań twórcy. Temat prac od początku oscyluje wokół wyalienowanej, uwikłanej w wewnętrzny dramat, ewokującej bolesne przeżycia postaci ludzkiej, której forma po 1957 r. podlega geometryzacji i daleko idącym uproszczeniom. Artysta zainteresowany relacjami geometrycznymi kontynuował tradycje przedwojennej awangardy. W latach 60. poprzez uplastyczniający modelunek i delikatny światłocień prace stopniowo zyskują na przestrzenności. Zarówno rysunki, jak i pojawiające się w latach 1956-1969 prace graficzne wykonane techniką cliché-verre oraz monotypii są nadal wariacjami na temat figury ludzkiej, a także zwierzęcej, zdradzającymi początkowo inspiracje kubizmem.